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一、分类不同
鱼的早期分类中,主要分为两纲,一个是硬骨鱼纲,另一个是软骨鱼纲,后来又加入了圆口纲,但后者的结构和人们认知的鱼类不太一样,所以前面两种被合称为真鱼。硬骨鱼又分为两个亚纲,分别是肉鳍亚纲和辐鳍亚纲,而软骨鱼则分为板鳃亚纲和全头亚纲。
二、骨头不同
无论是硬骨鱼还是软骨鱼,它们的外形特征都大同小异,但骨头却大不相同。硬骨鱼中的部分或全部骨骼已经骨化为硬骨质,鳞片为骨质板状,头骨还有接缝。而软骨鱼的骨头完全由软骨组成,虽然会钙化,但并没有真骨组织。这类鱼的外骨骼不发达,有的甚至退化,身体表面为盾鳞。
三、特征不同
硬骨鱼的鳃间隔退化了,同时具有鳃盖骨,尾鳍为正尾型,上下是对称的,内部的尾椎末端向上翘起。另外大多数硬骨鱼有鱼鳔,可以调节身体比重,从而更好的上浮和下沉。软骨鱼的尾鳍为歪尾型,有的甚至呈鞭状,鳃裂会单独外露,而且没有鱼鳔,不过其肝部肥大,可以调节身体比重。
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